XREAでファイルアップロードするにはphpをcgiとして動かさねばならない。
そこで2.0.xでは.htaccessに

<files inline-uploading.php>
AddHandler application/x-httpd-phpcgi .php
</files>

と 入れてたが、WordPress2.1からはinline-uploading.phpが無くなり、代わりにupload.phpになっているようです。ということで.htaccessも

<files upload.php>
AddHandler application/x-httpd-phpcgi .php
</files>

と修正しなければならなくなっているようです。