これはphpがセーフモードで稼働している為であり、該当phpをcgiで動かせば自動でできるようになります。

<Files update.php>
AddHandler application/x-httpd-phpcgi .php
</Files>

上記を記述した.htaccessをwp-admin内に置けば自動でアップグレードできるようになります。

<files async-upload.php>
AddHandler application/x-httpd-phpcgi .php
</files>

Flexible Uploadプラグインを使うには、上記のままでは

アップロードしたファイルを*****/wp-content/uploads/2008/05に移動できませんでした。

とエラーになります。

これを回避するには、対策として.htaccessの記述をに以下のようにします。

<files async-upload.php>
AddHandler application/x-httpd-phpcgi .php
</files>
<files media-upload.php>
AddHandler application/x-httpd-phpcgi .php
</files>

つまりmedia-upload.phpをCGIとして動作させるための設定を行えばOKです。

その対策としてwp-adminフォルダ内に.htaccessファイルを使用してPHPをCGIとして動作させればよかったのだが、このたびME2.2.1からWordPress2.5日本語版にアップグレードしたら、

「アップロード中にエラーが発生しました。後ほど再度お試しください。」

とのエラーが出て、またもやアップロードが出来なくなった。
で、いろいろ試してみて.htaccessを以下のように修正したら、また無事アップロードできるようになりました。

<files upload.php>
AddHandler application/x-httpd-phpcgi .php
</files>

これを

<files async-upload.php>
AddHandler application/x-httpd-phpcgi .php
</files>

に変更したらアップロード出来るようになりました。

詳しくは解らないが、アップロードに関するファイルが、upload.phpからasync-upload.phpに変わったのでしょうか。

AddHandler application/x-httpd-phpcgi .php

とだけ記入しても機能するが、すべてCGIとして動作してしまいます。。

以上の対策で、Mac、WinともFirefoxならこれで問題なく機能するようになりますが、
WordPressフォーラムのバグ報告「2.5 画像・メディアアップロード機能の問題（英訳）」にも上がってますように、IEで使うにはまだ色々と問題があるようで、うまくアップできませんでした。